Dalam Pelaksanaan akademik, fakultas memiliki 5 Departemen dalam melaksanakan fungsi akademik dan administrasi. Departemen adalah unsur pelaksana fakultas dalam sebagian atau satu cabang ilmu. Departemen terdiri dari kelompok Tenaga Pendidik, Teknisi, Administrasi dan Laboratorium. Departemen dipimpin oleh seorang ketua.
1. Departemen Nutrisi dan Makanan Ternak
Ketua: Prof. Dr. Ir. Kustantinah, DEA., IPU.
Departemen Nutrisi dan Makanan Ternak adalah unsur pelaksana akademik Fakultas Peternakan yang melaksanakan pendidikan dan pengajaran, penelitian, serta pengabdian kepada masyarakat dalam cabang ilmu yang berkaitan dengan peternakan, khususnya biologis nutrisi dan makanan ternak. Tugas pokok Departemen ini adalah mengembangkan keilmuan nutrisi dan makanan ternak yang meliputi ilmu biokimia, nutrisi ternak, komposisi pakan dan persyaratan nutrien untuk ternak, pengadaan, kegunaan, pengawetan dan teknik pemberian pakan ternak, serta cara penyusunan ransum
2. Departemen Produksi Ternak
Ketua: Ir. Panjono, S.Pt., M.P., Ph.D., IPM., ASEAN Eng.
Departemen Produksi Ternak adalah unsur pelaksana akademik yang melaksanakan pendidikan dan pengajaran, penelitian, serta pengabdian kepada masyarakat, yang bertanggung jawab mengembangkan keilmuan dan teknologi yang berkaitan dengan biologi produksi, teknik industri, dan sistem produksi ternak.
3. Departemen Sosial Ekonomi Peternakan
Ketua : Dr. Ir. Suci Paramitasari Syahlani, M.M., IPM.
Departemen Sosial Ekonomi Peternakan adalah unsur pelaksana akademik yang melaksanakan pendidikan dan pengajaran, penelitian, serta pengabdian kepada masyarakat yang bertanggung jawab mengembangkan keilmuan sosial ekonomi peternakan. Keilmuan sosial ekonomi peternakan berkaitan pengembangan usaha peternakan, agribisnis, analisis ekonomi peternakan, koperasi, penyuluhan, kelembagaan usaha, pembangunan pedesaan dan kebijakan pembangunan peternakan.
4. Departemen Teknologi Hasil Ternak
Ketua: Ir. Rusman, M.P., Ph.D
Departemen Teknologi Hasil Ternak adalah unsur pelaksana akademik yang melaksanakan pendidikan dan pengajaran, penelitian serta pengabdian kepada masyarakat dalam mengembangkan keilmuan dan teknologi hasil ternak serta hasil sampingannya.
5. Departemen Pemuliaan dan Reproduksi Ternak
Ketua: Prof. Ir. Tety Hartatik, S.Pt., Ph.D., IPM.
Departemen Pemuliaan dan Reproduksi Ternak adalah unsur pelaksana akademik yang melaksanakan pendidikan dan pengajaran, penelitian, serta pengabdian kepada masyarakat dalam mengembangkan keilmuan yang berkaitan dengan pemuliaan dan dan reproduksi ternak.